Κόβουμε τα κρεμμύδια και την κολοκύθα.
Ετοιμάζουμε τα υλικά για τον χυλό του σουφλέ.
Σε κατσαρόλα ζεσταίνουμε 3 κ.σ. ελαιόλαδο και σοτάρουμε τα κρεμμύδια σε μέτρια φωτιά, για 5-6 λεπτά.
Προσθέτουμε την κολοκύθα, αλάτι και φρεσκοτριμμένο πιπέρι και σοτάρουμε για 12-14 λεπτά ακόμα.
Προσθέτουμε το σκόρδο, σοτάρουμε για 2 λεπτά ακόμα, πασπαλίζουμε με το θυμάρι και αποσύρουμε από τη φωτιά.
Σε μεγάλο μπολ χτυπάμε τα αυγά, το γιαούρτι ΔΩΔΩΝΗ Στραγγιστό κλασικό πλήρες και 100 ml ελαιόλαδο.
Προσθέτουμε το αλεύρι και το νερό, ανακατεύοντας μέχρι να γίνει ρευστός χυλός.
Προσθέτουμε φρεσκοτριμμένο πιπέρι, 200 γρ. Φέτα ΔΩΔΩΝΗ και τα ¾ των σοταρισμένων λαχανικών και ανακατεύουμε απαλά.
Ρίχνουμε το μείγμα σε λαδωμένο ταψί ή πυρίμαχο σκεύος (20Χ30 εκ.) και πασπαλίζουμε με τα υπόλοιπα λαχανικά και την υπόλοιπη φέτα.
Καλύπτουμε με αλουμινόχαρτο και ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180C° στον αέρα, για περίπου 30 λεπτά.
Βγάζουμε το αλουμινόχαρτο και συνεχίζουμε το ψήσιμο για άλλα 30 λεπτά μέχρι να ροδίσει η επιφάνεια.
Αφήνουμε να κρυώσει για 15 λεπτά και σερβίρουμε.