Καθαρίζω τα καλαμάρια, κόβω το κεφάλι, τα πλοκάμια και καθαρίζω το εσωτερικό τους. Αφαιρώ τη ραχοκοκαλία (κόκκαλο) και τα μάτια. Ψιλοκόβω το κεφάλι και τα πλοκάμια. Βάζω σε δυνατή ένταση μια κατσαρόλα και ζεσταίνω 2 ΚΣ ελαιόλαδο. Σοτάρω για 3 λεπτά τα κρεμμύδια να γίνουν διάφανα, προσθέτω το σκόρδο, τα ψιλοκομμένα πλακάμια από τα καλαμάρια και την πιπεριά αφήνοντας τα για 2 λεπτά. Ρίχνω το ρύζι με τα κουκουνάρια, τα καβουρδίζω για 2-3 λεπτά και συνεχίζω με τις ντομάτες και όλα τα μυρωδικά, το άνηθο, το δυόσμο, το μαϊντανό και τα καρυκεύματα, το κίμινο, το αλάτι και το πιπέρι. Προσθέτω λίγο ζεστό νερό (50-100 ml), ανάλογα πόσο ζουμερές είναι οι ντομάτες),μειώνω την ένταση και τα αφήνω να σιγοβράσουν για 5 λεπτά. Βγάζω την κατσαρόλα από την εστία και αφήνω το μείγμα να κρυώσει λίγο.

Ραντίζω ένα πυρίμαχο σκεύος με 2 ΚΣ ελαιόλαδο, 30 ml λευκό κρασί, το χυμό του λεμονιού και 30ml (2 ΚΣ) νερό. Θρυμματίζω στη γέμιση τη φέτα ΔΩΔΩΝΗ και την τριμμένη γραβιέρα ΔΩΔΩΝΗ και ανακατεύω. Με ένα κουταλάκι του γλυκού γεμίζω ένα-ένα τα καλαμαράκια και τα κλείνω στο πάνω μέρος με μια οδοντογλυφίδα. Τα τοποθετώ στη σειρά στο σκεύος και τα ψήνω σε προθερμασμένο φούρνο, στις αντιστάσεις, στους 180°C για 45-50 λεπτά (ενδιάμεσα αν χρειαστεί προσθέτω ζεστό νερό). Σερβίρω τα καλαμαράκια μαζί με λίγη από τη σάλτσα του ταψιού.