Βάζουμε το μισό ελαιόλαδο μέσα στο ταψί μας.
Κόβουμε 1 φέτα απ’ την επάνω πλευρά της τομάτας (να μείνει ενωμένη με την υπόλοιπη τομάτα) και με ένα κουτάλι αδειάζουμε την ψίχα της αφήνοντας αρκετή σάρκα πάνω στη φλούδα για να μην ανοίξουν τα γεμιστά.
Μεταφέρουμε την ψίχα σε ένα μπολ.
Κόβουμε 1 φέτα απ’ το πάνω μέρος της κάθε πιπεριάς και καθαρίζουμε από τα σποράκια.
Ακολουθούμε την ίδια διαδικασία και για τα κολοκύθια, βάζοντας την ψίχα στο ίδιο μπολ με την ψίχα της ντομάτας.
Βάζουμε τις τομάτες, τις πιπεριές και τα κολοκύθια μέσα στο ταψί.
Μεταφέρουμε την ψίχα από τις ντομάτες και τα κολοκύθια σε ένα μπλέντερ, προσθέτουμε και το κρεμμύδι, το μισό ελαιόλαδο και χτυπάμε στο blender μέχρι να έχουμε μια παχύρευστη σάλτσα.
Σε ένα μεγάλο μπολ βάζουμε το ρύζι, τη μισή σάλτσα τομάτας, το κουκουνάρι, τα μυρωδικά, τις σταφίδες, τη φέτα ΔΩΔΩΝΗ το αλάτι και το πιπέρι. Ανακατεύουμε καλά.
Γεμίζουμε τα λαχανικά μας μέχρι τα 3/4, γιατί θα φουσκώσει το ρύζι. Τοποθετούμε και τις πατάτες ανάμεσα στις τομάτες και τις πιπεριές.
Τέλος, περιχύνουμε με τον υπόλοιπο χυμό τομάτας από το blender. Θέλουμε να φτάσει περίπου στη μέση του ταψιού.
Ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180°C στις αντιστάσεις για 1 ώρα, το πρώτο μισάωρο σκεπασμένα με αλουμινόχαρτο. Έπειτα το αφαιρούμε και συνεχίζουμε το ψήσιμο.